Für die konfokal-mikroskopische Analyse steht am FLI ein LSM510/Confocor2 Kombigerät von Zeiss zur Verfügung. Verschiedene Laserlinien ermöglichen die Detektion und Trennung der gängigen Fluorophore in fixierten und lebenden Proben zur Bestimmung der Ko-Lokalisation, Interaktion, und Dynamik von Biomolekülen durch Techniken wie FRET, FRAP und FCS. Zusätzlich können Proben an einem ApoTome-Mikroskop hochaufgelöst analysiert werden. Das ApoTome basiert auf dem Prinzip der strukurierten Beleuchtung und liefert quasi-konfokale Bilder.