Das Nothobranchius-Projekt

Wir arbeiten an der Sequenzierung und Analyse des Genoms und Transkriptoms von N. furzeri. Die genomischen Sequenzen bestimmen wir mit der so genannten Schrotschuß-Methode unter Nutzung der klassischen Sanger- sowie der hochparallelen 454-Sequenziertechnologie. In ähnlicher Weise bearbeiten wir das N. furzeri Transkriptom. Hierbei untersuchen wir sowohl normalisierte als auch sogenannte subtrahierte cDNA-Banken (in Zusammenarbeit mit der Firma Evrogen, Moskau, Russland). Die Assemblierung, Annotierung und vergleichende Analysen der N. furzeri Sequenzen mit dem Zebrafisch (Danio rerio), dem Pufferfisch (Tetraodon nigroviridis), dem Japanischen Reisfisch Medaka (Oryzias latipes) und dem Stichling (Gasterosteus aculeatus) bilden eine wesentliche Grundlage für die Untersuchung molekularer, biochemischer und evolutionärer Aspekte des Alterns in N. furzeri.

Eine erste Charakterisierung des Genoms von N. furzeri haben wir im Journal Genome Biology veröffentlicht.

Unsere Arbeiten stellen neben Kreuzungsexperimenten mit entsprechender Phänotypisierung eine Voraussetzung für Kopplungs- und QTL-Analysen dar, die letztendlich auf die Identifizierung der genetischen Loci abzielen, die die Lebensspanne und altersspezifische Merkmale in N. furzeri bestimmen. Unser langfristiges Ziel ist es, altersrelevante Gene zu finden (z. B. durch positionelle Klonierung) und experimentell zu analysieren. Mit den bisherigen Arbeiten und durch die fortgesetzte systematische Analyse des Genoms und Transkriptoms von N. furzeri wollen wir zu einem besseren Verständnis des Alternsprozesses in Vertebraten beitragen.